日本に初めてキリスト教を伝えたフランシスコザビエルが、豊後（大分）を訪れたのは1551年のことでした。
当時の府内、現在の大分市には貧しい人々や病人が多く、府内にやってきた宣教師たちは、こうした人々の救済に力をつくし、1557年にはポルトガル宣教師で、医師でもあったルイス・デ・アルメイダが府内に始めての洋式病院を建てました。

病院では、日本で最初の外科手術が盛んに行われたほか、食事療法の生活指導や巡回治療も行われ、その噂は九州はもとより遠く各地に広まり、多くの患者が訪れていたと当時の記録は伝えています。
また、病院には、日本最初の医学校も併設されていました。アルメイダは、この病院を建てる2年前に私財を投じて育児院も開設しており、2頭の雌牛を飼って貧しい子供たちに牛乳を飲ませて育てたといわれています。
アルメイダ病院は、「ルイス・デ・アルメイダ」を顕彰して名付けられたものです。